Técnicamente son muy distintos. Un virus es un programa que necesita de otro para realizar sus copias. Cuando se ejecuta la cabecera del programa, en vez de ejecutar directamente las instrucciones del programa, se pasa a ejecutar código del propio virus, que se encarga de decidir si se va a copiar a algún otro sitio, o a realizar tareas como sacar una pelota que rebota, hacer que caigan las letras, borrar el disco duro, hacer sonar el altavoz... Nótese que utilizo el término programa en sentido amplio, pues los virus pueden residir en el sector de arranque de los discos o incluso tener parte de su código dentro de la tabla de partición del disco duro.
Un troyano, en cambio, es un programa que realiza una serie de funciones que pueden servir al usuario, como una calculadora, un visor de JPEGs, lo que sea, pero está también programado para realizar otras tareas "no anunciadas", como borrar ficheros, corromperlos, añadirles líneas...
Así, la diferencia principal entre un virus y un troyano es que el virus es independiente del programa en que se aloje: tiene la capacidad de "contagiarse" de programa a programa, de una unidad a otra. En cambio el troyano está íntimamente ligado a la aplicación que hace de "caballo": no tiene más capacidad de reproducción que la voluntad del usuario de hacer copias para que otros también lo utilicen. Por ello los troyanos suelen residir dentro de programas "golosos", entre los que destacan los juegos de índole sexual, que queramos o no son los "best seller" hoy en dia, desgraciadamente.
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